非営利型の一般社団法人・一般財団法人が、要件から外れてしまったときに知っておきたいこと

一般社団法人の「非営利型」は一度外れると戻れない?税務上の注意点をやさしく解説

一般社団法人や一般財団法人は、すべてが同じ税金のルールで扱われるわけではありません。

一定の条件を満たしている法人は、法人税法上「非営利型法人」として扱われます。
一方、その条件を満たさない場合は「普通法人」という扱いになります。

この違いは、法人税がかかる範囲に大きく影響します。

非営利型法人の場合は、原則として「収益事業」(物やサービスを提供してお金を受け取る、通常の商売に近い事業のことです)から生まれた利益だけが法人税の対象になります。
これに対して、非営利型法人に当てはまらない一般社団法人・一般財団法人は普通法人となり、原則としてすべての利益が法人税の対象になります。

そのため、非営利型法人として運営している法人では、設立のときに条件を満たすだけでなく、その後もずっと条件を守り続けることがとても大切です。

特に押さえておきたいのが、次の点です。

一定の条件に違反して普通法人になってしまった場合、後から状態をもとに戻しても、同じタイプの非営利型法人には二度と戻れないことがあります。

ここは誤解されやすいところですので、順を追ってご説明します。

非営利型法人には、大きく分けて2つのタイプがあります

法人税法上の非営利型法人には、大きく分けて次の2つのタイプがあります。

1つ目は、いわゆる「非営利性が徹底された法人」です。

これは、事業で利益を上げることや、得た利益を社員(法人の構成員のことで、株式会社でいう株主に近いイメージです)に分配することを目的とせず、定款(法人の基本的なルールを定めた書類のことです)や役員構成などについて、一定の条件を満たしている一般社団法人・一般財団法人です。

2つ目は、いわゆる「共益的活動を目的とする法人」です。

こちらは、会員から受け取る会費などを主な財源として、会員に共通する利益を図る活動を行う法人で、一定の条件を満たしているものを指します。

どちらのタイプについても、複数の条件が定められています。

したがって、「一般社団法人だから自動的に非営利型法人になる」というわけではない、という点をまず押さえておいてください。

特に注意したいのが「特別の利益」です

非営利型法人の条件の中でも、特に注意が必要なのが、次の条件です。

特定の個人や団体に「特別の利益」を与えないこと。

「特別の利益」とは、一般的な取引の相場から見て、特定の人だけを不当に有利に扱うような利益のことをいいます。

たとえば、次のような取引が問題になる可能性があります。

・法人の土地や建物を、特定の人に無償または著しく低い金額で貸す
・特定の人に無利息または著しく低い利率でお金を貸す
・法人の資産を、特定の人に無償または著しく安い金額で譲る
・特定の人から、通常より著しく高い家賃で不動産を借りる
・特定の人から、通常より著しく高い金額で資産を買う
・特定の人に、世間の常識から見て不相当に高い給与や報酬を支給する

ただし、一般的な相場と少し違うだけで、すぐに「特別の利益」に当てはまるわけではありません。

実際には、金額の大きさだけでなく、

・その取引を行った理由
・相手との関係
・契約の条件
・その資産やサービスの内容
・一般の第三者と取引する場合の条件と比べてどうか

といった点を総合的に見て、「世間の常識から見て不相当な利益を与えているかどうか」が判断されます。

たとえば、ある一般社団法人が、理事の所有する建物を事務所として借りているとします。

周辺の同じくらいの物件であれば月20万円ほどで借りられるにもかかわらず、特別な設備や立地といった合理的な理由もなく、理事に月50万円を支払っているような場合には、「理事に特別の利益を与えているのではないか」という問題が生じる可能性があります。

一方で、物件の立地や設備、契約条件などから見て50万円という金額に合理的な理由があるのであれば、単純に相場との差額だけで結論が決まるわけではありません。

そのため、理事やその親族、社員、関係会社などとの取引については、

「まったく関係のない第三者と取引するとしても、この条件にするだろうか」

という視点で、日頃から確認しておくことをおすすめします。

実際に利益を渡していなくても、「決めた」だけで問題になることがあります

さらに注意しておきたいのは、法律上の条件が、「特別の利益を与えたことがないこと」だけを定めているのではない、という点です。

正確には、「特別の利益を与えることを決定し、または与えたことがないこと」と定められています。

つまり、実際にお金を払ったり、資産を渡したりしていなくても、特別の利益を与えることを正式に決めた時点で、条件に影響する可能性があるということです。

たとえば、理事会などで、特定の理事に法人所有の資産を不当に安い価格で売却することを正式に決めた場合を考えてみます。

この場合、実際の売却がまだ行われていなくても、「まだ契約を実行していないから大丈夫」とは限りません。

理事や関係者との重要な取引については、決議や契約を行う前に、税務上の問題がないかを確認しておくことが安心につながります。

定款に反する行為にも注意が必要です

「非営利性が徹底された法人」では、定款の内容についても一定の条件があります。

代表的なものとしては、
・剰余金(事業を行った結果、収入が費用を上回って残ったお金のことです)を分配しないこと
・解散した場合の残余財産(法人をたたむときに残った財産のことです)を、国・地方公共団体や一定の公益的な法人などに帰属させること
といった内容が挙げられます。

そして、こうした定款の定めに反する行為を行うことを決めたり、実際に行ったりすると、非営利型法人の条件を満たさなくなる場合があります。

たとえば、一般社団法人で利益が出たからといって、株式会社の配当のような感覚で社員に剰余金を分配してしまうことは、非営利型法人では特に慎重に考える必要があります。

なお、誤解されやすいのですが、「非営利型法人は利益を出してはいけない」という意味ではありません。

事業活動の結果として収入が費用を上回り、利益や剰余が生じること自体は、直ちに問題になるわけではないのです。

大切なのは、その利益を特定の人に不当に分配したり、特別の利益として外部に流出させたりしないことです。

一定の条件違反では、同じタイプの非営利型法人には戻れません

ここが、今回もっともお伝えしたいポイントです。

法人税基本通達1-1-9(国税庁が定めている法令の解釈指針のひとつです)では、次のように定められています。

法人税法施行令第3条第1項第3号(特別の利益に関する条件を定めた条文です)の条件を欠いたことによって普通法人となった一般社団法人・一般財団法人は、その後の事業年度において、再びこの条件を満たすことはないとされています。

同じように、施行令第3条第2項第6号の条件を欠いた場合についても、同じ取扱いになります。

つまり、「後から取引をもとに戻せば、同じタイプの非営利型法人に戻れる」というわけではないのです。

たとえば、非営利性が徹底された法人が、条件を満たしていた期間中に、特定の理事に特別の利益を与えてしまったとします。

その後、
「今後はそのような取引をしません」
「契約条件を通常の金額に戻しました」
と改善したとしても、過去に「特別の利益を与えた」という事実そのものはなくなりません。

法律上、「特別の利益を与えたことがないこと」という、過去の事実を含めた条件になっているためです。

したがって、この条件違反によって非営利型法人から外れてしまった場合には、原則として、その条件違反によって外れた同じタイプの非営利型法人には戻れないと考えておく必要があります。

なお、ここで誤解しないでいただきたいのは、「一度でも何かの条件を満たさなくなったら、どんな場合でも永久に非営利型法人になれない」という意味ではない、という点です。

また、「別のタイプの非営利型法人にも絶対になれない」と一律に決まるわけでもありません。

実際に別のタイプに該当できるかどうかは、その時点でそのタイプの条件をすべて満たしているかどうかを、個別に確認する必要があります。

理事の親族割合については、扱いが異なります

非営利型法人では、理事の構成についても条件があります。

具体的には、ある理事と、その理事の配偶者や3親等以内の親族など、一定の特別な関係にある理事の合計人数が、理事の総人数の3分の1以下であることなどが求められます。

この理事の親族等の割合に関する条件については、法人税基本通達1-1-12で取扱いが示されています。

原則として、その時点での理事の構成によって判定します。

ただし、理事の退任などによって一時的に条件を満たさなくなった場合であっても、相当の期間内に理事を変更するなどして再び条件を満たしたと認められる場合には、継続して条件を満たしていたものとして取り扱って差し支えないとされています。

つまり、どの条件から外れたのかによって、もとに戻れるかどうかの取扱いが異なるということです。

この点は、先ほどご説明した「特別の利益」に関する条件と混同しないよう、注意しておきたいところです。

非営利型法人ではなかった期間中の行為は、時系列で考えます

少し細かい話になりますが、実務上とても重要なポイントです。

たとえば、理事の親族割合の条件を満たしていなかったため、ある期間について非営利型法人に該当していなかった法人があったとします。

この「非営利型法人ではなかった期間中」に、特定の個人や団体に特別の利益を与えていた場合、その行為だけを理由として、その後永久に非営利型法人になれないとは限りません。

特別の利益に関する条件には、「他の条件のすべてに該当していた期間において」という前提が付いているためです。

つまり、
・その行為をした時点で、他の条件をすべて満たしていたのか
・どの期間について非営利型法人だったのか
・いつ条件を外れたのか
・いつ再び条件を満たしたのか
という時系列が重要になります。

たとえば、親族割合の条件を満たしていなかったため、そもそも非営利型法人ではなかった期間中に特別の利益を与えていた場合には、その後、親族要件を含むすべての条件を満たせば、その時点から非営利型法人に該当する余地があります。

そのため、過去の取引を確認するときは、単に「特別な利益を与えたことがあるか」だけでなく、「その行為をした時点で、法人がどのような状態だったのか」まで確認する必要があります。

年度の途中で普通法人になると、事業年度が区切られることがあります

非営利型法人が、事業年度の途中で条件を満たさなくなり普通法人になった場合には、税務上、その日を境に事業年度が区切られる取扱いがあります。

たとえば、4月1日から翌年3月31日までを通常の事業年度としている法人が、10月1日に非営利型法人の条件を満たさなくなったとします。

この場合、税務上はおおむね、
・4月1日から9月30日まで
・10月1日から翌年3月31日まで
という2つの期間に分けて考えることになります。

前半は非営利型法人としての課税関係、後半は普通法人としての課税関係になるということです。

非営利型法人では原則として収益事業から生まれた利益が課税の対象ですが、普通法人になると、原則としてすべての利益が法人税の対象になります。

そのため、法人の区分が年度の途中で変わると、
・申告の期限
・利益の区分
・経費の配分
・資産や負債の整理
・消費税との関係
・各種の届出
といった点について、通常よりも確認すべきことが増える可能性があります。

条件を満たさなくなったかもしれない、と感じる場面があれば、決算のタイミングまで待たず、早めに所轄の税務署にご相談いただくことをおすすめします。

実務では、関係者との取引を特に確認しましょう

非営利型の一般社団法人・一般財団法人では、次のような取引について、日頃から確認しておくと安心です。

・理事やその親族への給与・賞与・役員報酬
・理事や関係者から借りる事務所の家賃
・理事や関係者との金銭の貸し借り
・関係者から購入する土地、建物、車両、備品などの価格
・関係者への法人資産の売却
・法人のお金を特定の人の私的な目的に使っていないか
・剰余金の分配に関する決議
・解散したときの残余財産についての定款の内容
・理事とその親族等の人数や割合

特に、理事やその親族との取引は、
「昔からこの金額だから」
「身内なので細かく契約していない」
という状態になりやすい部分です。
決して珍しいことではありませんが、税務上は注意が必要な場面といえます。

税務上は、関係者だから問題になるのではなく、関係者であることを利用して、不自然に有利な条件になっていないかどうかがポイントになります。税務調査の際にも、この点は確認されやすい部分のひとつです。

契約書、見積書、近隣の相場資料、査定資料など、取引条件が合理的だったことを説明できる資料を残しておくと、いざというときにも安心です。

まとめ

非営利型の一般社団法人・一般財団法人は、一定の条件を守り続けることで、税務上、原則として収益事業から生まれた利益だけが法人税の対象となります。

一方で、特定の個人や団体に特別の利益を与えたり、非営利性が徹底された法人が定款に反する行為を行ったりすると、非営利型法人の条件を満たさなくなり、普通法人になる場合があります。

特に重要なのは、特別の利益に関する条件違反によって普通法人となった場合、後から取引を正常な状態に戻しても、原則として同じタイプの非営利型法人には戻れないという点です。

一方で、理事の親族等の割合など、別の条件を一時的に満たさなくなったケースでは、事情によって再び非営利型法人として扱われる場合があります。

したがって、「一度でも条件を外れれば、どんな場合でも永久に非営利型法人になれない」と考えるのは正確ではありません。

大切なのは、「どの条件を、いつ、どのような理由で満たさなくなったのか」を丁寧に確認することです。

また、非営利型法人から普通法人になると、法人税がかかる範囲が大きく変わり、年度の途中で法人の区分が変わった場合には、事業年度が区切られることもあります。資金繰りにも影響しうる話ですので、早めの確認が安心につながります。

非営利型法人を運営されている場合は、問題が起きてから対応するよりも、理事やその親族、関係会社との取引を実行する前に確認しておくことが大切です。

特に、役員報酬、家賃、資産の売買、金銭の貸し借りなどで判断に迷う取引がある場合には、決議や契約をする前に、税務署へご相談いただくと安心です。

※この記事は2026年8月時点で確認できた法人税法、法人税法施行令および国税庁の法人税基本通達等に基づき、一般の方向けに整理したものです。
実際の取扱いは、法人の定款、役員構成、過去の取引、決議の内容、行為の時期などによって異なります。
特に「特別の利益」に該当するかどうかは個別の事情によって判断が分かれるため、具体的な案件については所轄の税務署にご確認ください。
制度の内容は今後変更される可能性もありますので、最新の情報もあわせてご確認いただくと安心です。