社用車通勤手当の課税について
その場合は全額が「給料」とみなされ、税金（所得税）の対象になります。
非課税にはなりません。
なぜ税金がかかるのか？
ポイントは、「従業員が自分で費用を負担しているかどうか」です。
そもそも、通勤手当に税金がかからない（非課税になる）のは、「従業員が通勤のために自分で払った実費（ガソリン代や電車の運賃など）を、会社が補てんする」という考え方に基づいているからです。
例え話：「お昼ごはん」で考えてみましょう
このルールを「お昼ごはん代の補助」に例えてみます。
① マイカー通勤や電車通勤の場合（＝自分でお弁当を用意する人） 自分で車や自転車を用意したり（ガソリン代も自分持ち）、電車の運賃を払ったりして通勤しています。
これは、いわば「自分でお弁当を作って持ってくる」人や、「外でランチを買ってくる」人と同じです。
会社がその費用の一部を「昼食代の補助（＝通勤手当）」として出すのは、実費の補てんです。だから一定額までは税金がかかりません。
② 社用車通勤の場合（＝会社の無料食堂を使う人） 会社が車を用意し、ガソリン代や保険料もすべて会社が払っています。
これは、「会社が無料の社員食堂を提供している」のと同じ状態です。
もし、無料の食堂でご飯を食べている人に、さらに会社が「昼食代の補助」を現金で渡したらどうでしょう？
それは「食事代の補てん」ではなく、「純粋なお小遣い（＝お給料）」と見なされますよね。
結論
社用車通勤の人に支給する通勤手当も、これとまったく同じ理屈です。
すでに会社が「社用車」という通勤手段（無料の食堂）を提供しているため、そこへさらに現金（通勤手当）を支給すると、それは「実費の補てん」とは認められず、「給料」として全額に税金がかかる、というわけです。
